RT-qPCR multiplexado para triagem de variantes SARS-COV-2 B.1.1.7: resultados preliminares
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| RT-qPCR multiplexado para triagem de variantes SARS-COV-2 B.1.1.7 |
- RT-qPCR multiplexado para rastrear as variantes SARS-COV-2 B.1.1.7, B.1.351 e P.1 de preocupação V.2
- Chantal Vogels ,Joseph Fauver ,Nathan Grubaugh
- Departamento de Epidemiologia de Doenças Microbianas, Escola de Saúde Pública de Yale
Com o surgimento de variantes do SARS-CoV-2 que podem aumentar a transmissibilidade e / ou causar escape das respostas imunológicas, há uma necessidade urgente de métodos de vigilância molecular direcionados. Embora o sequenciamento seja o padrão ouro, nem sempre pode ser imediatamente escalado ou implementado em alguns ambientes para detectar variantes quando suas frequências são baixas. O ensaio Applied Biosystems TaqPath COVID-19 (ThermoFisher), um teste de PCR, foi descoberto por ter uma assinatura distinta (falha do gene de pico, [SGTF]) ao testar vírus contendo a deleção Δ69 / 70 HV, como o B.1.1. 7 variantes detectadas pela primeira vez no Reino Unido. No entanto, uma amostra com SGTF não é definitiva para B.1.1.7 e não pode detectar outras variantes de preocupação que não tenham a deleção Δ69 / 70 HV, como B.1.351 detectado na África do Sul e P.1 detectado recentemente no Brasil . Nós desenvolvemos um ensaio RT-qPCR multiplexado que pode detectar todas as três variantes, visando a deleção SGF Δ3675-3677 no gene ORF1a, que ainda não foi amplamente detectado em outras linhagens SARS-CoV-2. Além disso, também tendo como alvo a deleção Δ69 / 70 HV no gene spike, nosso ensaio pode diferenciar B.1.1.7 de B.1.351 e P.1. Finalmente, incluímos o primer CDC N1 e o conjunto de sondas em nosso ensaio multiplexado como um controle para garantir que as falhas do alvo sejam provavelmente devido à presença de ORF1a e / ou deleções de pico e que haja RNA de vírus suficiente para confirmação de sequenciamento. Nosso ensaio RT-qPCR multiplexado pode ser rapidamente dimensionado para suportar a vigilância da variante SARS-CoV-2. Além disso, também tendo como alvo a deleção Δ69 / 70 HV no gene spike, nosso ensaio pode diferenciar B.1.1.7 de B.1.351 e P.1. Finalmente, incluímos o primer CDC N1 e o conjunto de sondas em nosso ensaio multiplexado como um controle para garantir que as falhas do alvo sejam provavelmente devido à presença de ORF1a e / ou deleções de pico e que haja RNA de vírus suficiente para confirmação de sequenciamento. Nosso ensaio RT-qPCR multiplexado pode ser rapidamente dimensionado para suportar a vigilância da variante SARS-CoV-2. Além disso, também tendo como alvo a deleção Δ69 / 70 HV no gene spike, nosso ensaio pode diferenciar B.1.1.7 de B.1.351 e P.1. Finalmente, incluímos o primer CDC N1 e o conjunto de sondas em nosso ensaio multiplexado como um controle para garantir que as falhas do alvo sejam provavelmente devido à presença de ORF1a e / ou deleções de pico e que haja RNA de vírus suficiente para confirmação de sequenciamento. Nosso ensaio RT-qPCR multiplexado pode ser rapidamente dimensionado para suportar a vigilância da variante SARS-CoV-2. incluímos o primer CDC N1 e o conjunto de sondas em nosso ensaio multiplexado como um controle para garantir que as falhas do alvo sejam provavelmente devido à presença de ORF1a e / ou deleções de pico e que haja RNA de vírus suficiente para confirmação de sequenciamento. Nosso ensaio RT-qPCR multiplexado pode ser rapidamente dimensionado para suportar a vigilância da variante SARS-CoV-2. incluímos o primer CDC N1 e o conjunto de sondas em nosso ensaio multiplexado como um controle para garantir que as falhas do alvo sejam provavelmente devido à presença de ORF1a e / ou deleções de pico e que haja RNA de vírus suficiente para confirmação de sequenciamento. Nosso ensaio RT-qPCR multiplexado pode ser rapidamente dimensionado para suportar a vigilância da variante SARS-CoV-2.
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