Avaliação precoce da gravidade clínica da variante SARS-CoV-2 Omicron na África do Sul
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| Omicron |
A variante de preocupação (VOC) do SARS-CoV-2 Omicron substituiu quase completamente outras variantes na África do Sul durante novembro de 2021 e foi associada a um rápido aumento nos casos de COVID-19. Nosso objetivo foi avaliar a gravidade clínica de indivíduos infectados com Omicron, usando S Gene Target Failure (SGTF) no teste Thermo Fisher Scientific TaqPath COVID-19 como um proxy.
Métodos
Realizamos ligações de dados para (i) testes de laboratório SARS-CoV-2, (ii) dados de caso COVID-19, (iii) dados do genoma e (iv) o sistema nacional de vigilância hospitalar DATCOV para toda a África do Sul. Para os casos identificados por PCR Thermo Fisher TaqPath COVID-19, as infecções foram designadas como SGTF ou não SGTF. A gravidade da doença foi avaliada usando modelos de regressão logística multivariada comparando indivíduos infectados com SGTF diagnosticados entre 1 de outubro a 30 de novembro a (i) não SGTF no mesmo período, e (ii) infecções Delta diagnosticadas entre abril e novembro de 2021.
Resultados
De 1º de outubro a 6 de dezembro de 2021, 161.328 casos de COVID-19 foram notificados nacionalmente; 38.282 foram testados usando TaqPath PCR e 29.721 infecções SGTF foram identificadas. A proporção de infecções por SGTF aumentou de 3% no início de outubro (semana 39) para 98% no início de dezembro (semana 48). Na análise multivariável, após o controle de fatores associados à hospitalização, os indivíduos com infecção SGTF tiveram menor chance de serem admitidos no hospital em comparação com infecções não SGTF (odds ratio ajustada (aOR) 0,2, intervalo de confiança de 95% (IC) 0,1-0,3) .
Entre os indivíduos hospitalizados, após o controle de fatores associados à doença grave, as chances de doença grave não diferiram entre os indivíduos infectados com SGTF em comparação com os indivíduos sem SGTF diagnosticados durante o mesmo período (aOR 0,7, IC 95% 0,3-1,4).
Em comparação com as infecções Delta anteriores, depois de controlar os fatores associados à doença grave, os indivíduos infectados com SGTF tiveram uma probabilidade menor de doença grave (aOR 0,3, IC 95% 0,2-0,6).
Conclusão
Análises iniciais sugerem um risco reduzido de hospitalização entre indivíduos infectados por SGTF quando comparados a indivíduos não infectados por SGTF no mesmo período de tempo, e um risco reduzido de doença grave quando comparados a indivíduos infectados por Delta anteriormente. Parte dessa redução é provavelmente resultado da alta imunidade da população.
