Usando uma ferramenta de computação moderna que avaliou 5,7 milhões de amostras biológicas coletadas em todo o mundo durante os últimos 15 anos, os pesquisadores descobriram mais de 130.000 novos vírus de RNA (incluindo o coronavírus SARS-CoV-2 que está atualmente afetando a pandemia de COVID-19). Esta descoberta reflete um aumento de dez vezes no número de espécies de RNA viral descritas até o momento.
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| Serratus |
O estudo foi publicado na revista Nature .
Para realizar essa avaliação, a equipe multidisciplinar criou o Serratus, uma infraestrutura de computação em nuvem (Amazon Web Services, AWS) que facilitou enormes buscas por sequências virais nos milhões de Gigabytes (Petabytes) de dados de sequenciamento disponíveis em conjuntos de dados públicos usando um grupo de 22.500 computadores processadores (CPUs).
Mais de 30 novas espécies de coronavírus foram descobertas como resultado de um exame abrangente de certas famílias virais, que incluem exemplos interessantes em vertebrados subaquáticos, como peixes e anfíbios, cujos coronavírus tinham um genoma diferenciado em dois fragmentos, uma característica descrita anteriormente em outro vírus famílias, mas não identificado inicialmente em nenhum coronavírus.
Pesquisadores da UPV usaram Serratus para analisar o vírus que causa a hepatite D humana, um agente viral chamado Delta com um tamanho genômico pequeno e fonte não identificada, no Instituto de Biologia Molecular e Celular Vegetal da Cidade Politécnica da Inovação. Isso permitiu que o pesquisador do CSIC Marcos de la Peña Rivero, do IBMCP, detectasse vírus semelhantes em uma ampla variedade de outros animais, não apenas mamíferos e outros vertebrados, mas também invertebrados.
Surpreendentemente, esses vírus também foram encontrados em amostras ambientais coletadas em lagos e solos de todo o mundo, e seus hospedeiros são desconhecidos por enquanto ”.
Essa descoberta nos permite avançar em uma estreita conexão evolutiva entre vírus tão distantes quanto a hepatite D humana e agentes subvirais de plantas chamados viróides ”.
Essas ferramentas têm o potencial de serem extremamente úteis na caracterização da singularidade de todos os vírus que existem no mundo e na preparação das pessoas para novas possíveis pandemias. Um exemplo são os efeitos catastróficos que as pessoas estão experimentando atualmente com doenças virais em evolução, como o COVID-19, causado pelo coronavírus SARS-CoV-2.
Fonte:
Explore o viroma de sequenciamento bruto de milhões de amostras coletadas pela comunidade biológica mundial. Esses dados abrangem os últimos 13 anos de todos os continentes, oceanos e reinos da vida.
Journal reference:
Edgar, R. C., et al. (2022) Petabase-scale sequence alignment catalyses viral discovery. Nature.
https://www.nature.com/articles/s41586-021-04332-2
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